Harkány nevét az oklevelek 1323-ban említették először Harkan alakban írva. Harkány királyi udvarnokok földje volt, melyet Károly Róbert király, mint örökös nélkül elhalt ember birtokát Pál fia György temesvári alvárnagynak adott, s határát is leíratta.
1397-ben az oklevelek a Byka nemzetség birtokának írták. A nemzetség birtokközpontja Terehegy volt. A család tagjai közül ismert volt többek között Byka Janás, aki Zsigmond királyt támogató 112 nemes között volt. Byka Miklós pedig a krakkói egyetemen tanult. A Byka család a szigetvári vár elestével halt ki.
Harkány a török időkben is lakott maradt. Megmaradt lakosai főleg földműveléssel, szőlőtermeléssel foglalkoztak. A törökök kiűzése utáni időkben a falu birtokosa a Batthyány család volt.
1814-ben a Batthyány család, hogy megnövekedett állatállományát nagyobb területű legelőkhöz juttassa, birtokán; a Gyűd-Harkány közt elterülő mocsarak lecsapolásába fogott. 1823-ban a lecsapoláskor a mocsarakban dolgozó egyik munkás; Pogány János nevű jobbágy, a mocsárból felbuzgó meleg vízben áztatva fájós lábát, attól meggyógyult. Gyógyulásának hamar híre ment a környéken, és az uradalom is felismerte a gyógyvíz hatását.
Harkány Siklós "uradalom" részét képezte. 1823-tól jelezték kénes jellegű gyógyvizét Harkánynak. 1824-ben megkezdték a fürdő kiépítését az akkori térképvázlaton szereplő Büdösrét, Büdöstó helyén. A termálvízre 1828-ban épült fürdőépület. 1846-ban már megjelent magyarul is „A harkányi hévíz gyógyereje” című tanulmány-füzet, amely a hely jelentőségét mutatta be az olvasóknak. 1860-ban közkegyelemben részesült a Batthyány család és visszakapta Harkány-fürdő birtokát is 1866-tól fogva Zsigmondy Vilmos mérnök irányításával kezdődtek meg artézi kútfúrások. Az ekkor 1866-ban hazánkban elsőként létesített, un. Alsó artézi kút lett az ország első kiépített hévízkútja, amelyet 37,7 méter mélyről érkező 61.2 °C hőmérsékletű feltörő víz táplált.
1918 novemberétől 1921 augusztusig a település szerb megszállás alatt volt, 1921 nyarán a Baranya–bajai Szerb–Magyar Köztársaság nevű szerb bábállam részét képezte. A város jelentős átalakulása a szerb-megszállást utáni korszakban kezdődött. A fürdő igazi fellendülését 1925-től, Antal Jenő fürdőbérlőnek történt átadása jelentette, aki igazgatóként valódi európai nívójú környezetet kezdett kialakítani a messze földön már híressé lett helyen, a gyógyulni vágyók számára. 1925-ben épült fel a közel 2000 m² vízfelületű termálfürdő, amelynek átlagosan 29 °C-ra lehűtött hőmérsékletű kellemes kénes vize nem csak a reuma, a köszvény és isiász gyógyítására alkalmas, hanem megannyi más esetben, pl. légzőszervi krónikus hurutok, bőrbetegségek, égési sebek, "női bajok", és egyéb szervi bántalmak számára is "csodavíz". A mediterrán jellegű enyhe éghajlat, a tiszta levegő télen-nyáron biztosítja a gyógyulást. Termálfürdő területe mellett platánfákkal övezett, hatalmas kiterjedésű és gondozott virágszigetekkel, rózsakerttel is rendelkező parkot létesítettek, amely már lassan száz éve vonzza az idelátogatók nagy számát. A turizmust pártfogoló vasúti tömegközlekedés 1928-tól naponta öt pár vonatszerelvényen hozta és vitte Pécs vasútállomásról az érdeklődőket, és gyógyulni vágyókat. 1927-ben az itt megrendezett nemzetközi orvosi vándorgyűlés résztvevői nagy elismeréssel szóltak előadásaikban a fürdő gyógyforrásairól, amely lassan szak-orvosi körökben is elfogadottá tette a termálfürdő hírnevét. A fürdőigazgatóság az 1920-as évektől fogva szerződéseket kötött a nagyobb hazai, és több külhoni egészség- és társadalombiztosító társasággal, akiknek tagsága kedvezményesen vehette igénybe a fürdő valamennyi szolgáltatását. Az eleinte állandó szállás gondokkal küzdő városban a gondok enyhítésére a város vezetősége komoly lépéseket tett a kezdetektől fogva. 1930-ra épült meg az akkor Gróf Benyovszky nevére keresztelt fürdőtelepi szálló 65 szobával, s még 1928-ban megkezdték 50 holdnyi terület villakertekre parcellázását is, közvetlenül a nagy parkterület közelében, amely villák sokaságába nyerhettek egyéni elhelyezést később az ide utazók.