Gyergyóalfalu keletkezésének idejét és elnevezésének eredetét mind a mai napig nem sikerült pontosan tisztázni sem irásos , sem más bizonyítékok segítségével. Első irásos említése viszonylag későn, az 1567. évi 25 dénáros dézsmajegyzékben fordul elő. Ebben Alfalu 44 portával szerepel. Az 1332. és 1337-es évekre vonatkozó pápai tizedjegyzékben azonban nem a gyergyói települések elnevezései, hanem a tizedet fizető papok nevei vannak feltüntetve. Az írásos bizonyítékok hiányában is megállapítható, hogy a falu jóval 1200 előtt keletkezhetett, hiszen templomkapujának feliratán szerepel az 1213-as év. Az eredeti település a mai falutól nyugatra a Borzont-patak völgyében volt. A falu 1675 és 1678 között püspöki székhely volt, ennek emlékét a templom falában elhelyezett tábla hirdeti. Ugyancsak a templom falában látható István pap emléktáblája, aki 1567-ben János Zsigmond serege ellen mozgósította Csík és Gyergyó népét. A tolvajos-tetői győzelem óta tartják meg a pünkösdi csíksomlyói búcsút, ahol az alfalvi kereszt halad ma is az élen. A más településekről csatlakozók megadták a gyergyóalfalviaknak azt az előjogot, hogy mindig ők álljanak a búcsús körmenet élén, hiszen az ő papjuknak köszönhetően maradt katolikus Csík és Gyergyó vidéke. 1804-ben tűzvész pusztított, melyben a templom tetőzete is leégett. 1855-ben, 1858-ban és 1902-ben ismét tűzvész volt. A faluban már a 19. században Felső Népiskola működött, ma is középiskolája és liceumja van. A trianoni békeszerződésig Csík vármegye gyergyószentmiklósi járásához tartozott. 1996-ban 6037, túlnyomórészt magyar lakosa volt. Ma 4957 lakossal büszkélkedhet.